Ιδρύθηκε το 1928. Έχει χρωματα το λευκό και το μαύρο και έμβλημα το τριφύλλι. Την προπολεμική περίοδο οι οπαδοί του ανήκαν κυρίως στη φιλοβασιλική μερίδα του πληθυσμού. Μαζί με τα Πράσινα Πουλιά αποτελούσαν τις σημαντικότερες ποδοσφαιρικές ομάδες της Καλαμάτας. Όμως, ο Απόλλων είχε σαφώς περισσότερους οπαδούς.
Μεταπολεμικά, κατέκτησε αρκετές φορές το τοπικό πρωτάθλημα και συμμετείχε στο πρώτο πρωτάθλημα Β΄ Εθνικής το 1959-60. Το 1967 η δικτατορία υποχρέωσε τον Απόλλωνα να συγχωνευτεί με τις άλλες δυο ποδοσφαιρικές ομάδες της πόλης: τα Πράσινα Πουλιά και τον Ολυμπιακό και να ιδρύσουν τον Π.Σ. Καλαμάτα.
Όμως, το 1974 ο Απόλλων ιδρύθηκε ξανά από τα παλιά μέλη του. Σύντομα ανέκτησε την ηγετική του θέση στο τοπικό ποδόσφαιρο. Ανέβηκε γρήγορα τις κατηγορίες και το 1975-76 αναδείχθηκε πρωταθλητής στην Εθνική Ερασιτεχνική κατηγορία. Όμως, δεν κατάφερε να ανέβει στη Β΄ Εθνική.
Από τότε έχει κατακτήσει πολλούς τοπικούς τίτλους και έχει αγωνιστεί πολλές φορές στο πρωτάθλημα της Εθνικής Ερασιτεχνικής ή της Δ΄ Εθνικής. Σήμερα αγωνίζεται στην Α΄ κατηγορία της ΕΠΣ Μεσσηνίας.
Από τον Απόλλωνα Καλαμάτας ξεκίνησε την καριέρα του ο Παναγιώτης Μπαχράμης, διεθνής με τις Εθνικές Νέων και Ελπίδων, που αργότερα μεταγράφηκε σε ομάδες Α΄ Εθνικής.
