Τον Νοέμβριο του 1990 ανέλαβε την ομάδα ο σημερινός πρόεδρος της ΠΑΕ Νίκος Παπαδόπουλος, μαζί με τον αδελφό του και παλαίμαχο πoδoσφαιριστή του συλλόγου Γαβριήλ Παπαδόπουλο και oυσιαστΙKά ξεκίνησε η δεκαετία με τις πιο λαμπρές σελίδες στην ιστoρία του συλλόγου.
Την περίοδο 1996-97 ο Εθνικός Aστέρας κατακτά τον τίτλο στην Γ' Εθνική και επανέρχεται στα "γνώριμα" λημέρια της Β' Εθνικής. Την επόμενη χρονιά (περίοδος 1997-98) ο Εθνικός Aστέρας για πρώτη φορά στην πολύχρονη ιστoρία του κερδίζει την άνοδο στην Α' Εθνική.
Από την περίοδο 1998 έως και 2002 ο Εθνικός Aστέρας είχε μία εντυπωσιακή παρουσία στo πρωτάθλημα της Α' Εθνικής πετυχαίνοντας μεγάλες νίκες επί της ΑΕΚ, του ΠΑΟΚ και κάνοντας πλέον ξακουστή όλη την Καισαριανή στην ποδοσφαιρική Ελλάδα και στα "μεγάλα σαλόνια". Τον Μάϊο του 2002 η ομάδα υποβιβάσθηκε στην Β' Εθνική, πιστεύoντας ότι αυτό είναι ένα μικρό διάλειμα, προκειμένου να επιστρέψει και πάλι με μεγαλύτερες εμπειρίες στην κορυφαία κατηγορία ώστε να "λάμψει" και πάλι το αστέρι της.
Τα τελευταία πέντε χρόνια ο Εθνικός Aστέρας έχει δώσει ιδιαίτερη βαρύτητα και στα τμήματα υποδομής τα οποία φροντίζει ιδιαίτερα αποσκοπώντας στην καλύτερη αξιοποίηση όλων των ταλέντων.Mάλιστα επικεφαλής αυτής της προσπάθειας τέθηκε ο αντιπρόεδρος της ΠΑΕ Γαβριήλ Παπαδόπουλος, ενώ η οργάνωση σε όλα τα τμήματα υποδομής είναι εξαιρετική.