Ο Πανηλειακός ιδρύθηκε το 1957 από τη συγχώνευση τεσσάρων ομάδων του Πύργου (Εθνικός, Ηρακλής, Α.Ε.Κ., Απόλλων),με πρωτεργάτες τους Λαμπαούνα,Γαλανόπουλο και Λιατσή. Μέχρι το 1971 αγωνιζόταν στο πρωτάθλημα Αχαίας καθώς στο νομό Ηλείας δεν υπήρχε Ένωση Ποδοσφαιρικών Σωματείων. Εκείνη τη σεζόν, όπως και την επόμενη, συμμετείχε στη Β΄ Εθνική. Ο υποβιβασμός, ωστόσο, κράτησε την ομάδα εννέα χρόνια εκτός της δεύτερης τη τάξει κατηγορίας στην οποία επανήλθε 1981 αλλά μόνο για μία χρονιά. Από τότε αρχίζει η καθοδική πορεία του συλλόγου. Μέχρι το 1986 παίρνει μέρος στη Γ' Εθνική,ενώ μετά από δύο χρόνια φτάνει στη χειρότερη στιγμή της ιστορίας του κατρακυλόντας στην Α' κατηγορία του τοπικου πρωταθλήματος στην Ηλεία.
Το καλοκαίρι του 1988, μια ομάδα φιλάθλων πείθει τον Σάκη Σταυρόπουλο - σημερινό πρόεδρο της ομάδας- να αναλάβει την ηγεσία της διοίκησης. Αμέσως ο Πανηλειακός ανεβαίνει στην Δ΄Εθνική και το 1989 στην Γ' Εθνική έχοντας προπονητή τον παλιό παίκτη και αργότερα προπονητή του Παναθηναϊκού, Χουάν Ραμόν Ρότσα. Μετά από παρουσία τριών χρόνων στον νότιο όμιλο της τρίτης κατηγορίας, επανέρχεται στην Β' Εθνική μετά από 13 περιόδους. Σε αυτή την κατηγορία παρέμεινε για έναν μόνο χρόνο και έτσι έκλεισε την "τρελή" πορεία το 1995 με την άνοδο των ερυθρολεύκων της Ηλείας στα "σαλόνια" της Α΄ Εθνικής. Μετά από αρκετά χρόνια στην Α' Εθνική και αξιόλογα αποτελέσματα, αλλά και άτυχες "διαμορφώσεις" αποτελεσμάτων, το 2001 η ομάδα υποβιβάζεται στην Β' Εθνική. Στο σημείο αυτό ξεκινάει η αναμόρφωση του Πανηλειακού με τον Σάκη Τσιώλη να αναλαμβάνει και να τον οδηγεί το 2003 πίσω στην Α΄ Εθνική όπου ανήκει, κάνοντας όλη την Ελλάδα να υποκλίνεται στο ταλέντο των "μικρών".Από κείνη την χρονιά ήρθε η κατρακύλα για τον Πανηλειακό σε σημείο να αγωνίζεται φέτος στο Περιφερειακό Πρωτάθλημα και θα αγωνίζεται εκεί και την επόμενη σεζόν.
Οι πρωτοι αντιπαλοι της νεας ομαδας του Πύργου ήταν ο Παναιγιάλειος, Λευκος Αστήρ Αμαλιάδας. Α.Ε. Μεσολογγίου και Άρης Αιτωλικού.
Ο πρώτος αγώνας εγινε στις 22 Σεπτέμβρη του 1957 στο Αιγιο οπου οι πανισχυροι τοτε γηπεδούχοι νικησαν με 4-1. Σ'αυτόν τον αγώνα έπαιξαν με την επωνυμία �Εθνικος� γιατί ως καινούργια ομάδα έπρεπε να παίξουν στην τελευταία κατηγορια και με την παροδο του χρόνου εγινε η μετονομασία σε �ΠΑΝΗΛΕΙΑΚΟΣ�. Για το κύπελλο οι ερυθρόλευκοι στην πρεμιέρα νικήσαν τον Αιαντα Γαστούνης με 1-0, με γκολ του Παρασκευοπουλου στο 77'.
Ο Πανηλειακος αναδείχθηκε για πρώτη φορα στην ιστορια του πρωταθλητής την περιοδο 1962-63, δηλαδη στην εκτη (6) συμμετοχή του στο πρωταθλημα. Όμως στους αγώνες μπαραζ για την άνοδο στη Β'Εθνική προκριθηκε η Θύελλα Πατρών που πετυχε δυο νικες 0-1 στον Πυργο και 3-0 στα Προσφυγικά.
Οι ερυθρόλευκοι την περιοδο 1964-65 αναδειχθηκαν πρωταθλητες στον ομιλο τους για δεύτερη (2) φορα. Τοτε αντιμετώπισαν τον πρωταθλητη του αλλου ομιλου Ολυμπιακο Πατρων σε τρεις αγωνες χωρις το ποθητο αποτελεσμα (1-1, 1-1, 0-2στο Αιγιο). Έτσι η μεν ομαδα της Πατρας ανεβηκε στη Β'Εθνικη, η δε ομαδα του Πύργου συμπεριελήφθη στις ομάδες που αποτέλεσαν την νεοϊδρυθείσας Γ'Εθνικής.
Το καλοκαίρι του 1988, μια ομάδα φιλάθλων πείθει τον Σάκη Σταυρόπουλο - σημερινό πρόεδρο της ομάδας- να αναλάβει την ηγεσία της διοίκησης. Αμέσως ο Πανηλειακός ανεβαίνει στην Δ΄Εθνική και το 1989 στην Γ' Εθνική έχοντας προπονητή τον παλιό παίκτη και αργότερα προπονητή του Παναθηναϊκού, Χουάν Ραμόν Ρότσα. Μετά από παρουσία τριών χρόνων στον νότιο όμιλο της τρίτης κατηγορίας, επανέρχεται στην Β' Εθνική μετά από 13 περιόδους. Σε αυτή την κατηγορία παρέμεινε για έναν μόνο χρόνο και έτσι έκλεισε την "τρελή" πορεία το 1995 με την άνοδο των ερυθρολεύκων της Ηλείας στα "σαλόνια" της Α΄ Εθνικής. Μετά από αρκετά χρόνια στην Α' Εθνική και αξιόλογα αποτελέσματα, αλλά και άτυχες "διαμορφώσεις" αποτελεσμάτων, το 2001 η ομάδα υποβιβάζεται στην Β' Εθνική. Στο σημείο αυτό ξεκινάει η αναμόρφωση του Πανηλειακού με τον Σάκη Τσιώλη να αναλαμβάνει και να τον οδηγεί το 2003 πίσω στην Α΄ Εθνική όπου ανήκει, κάνοντας όλη την Ελλάδα να υποκλίνεται στο ταλέντο των "μικρών".Από κείνη την χρονιά ήρθε η κατρακύλα για τον Πανηλειακό σε σημείο να αγωνίζεται φέτος στο Περιφερειακό Πρωτάθλημα και θα αγωνίζεται εκεί και την επόμενη σεζόν.
Οι πρωτοι αντιπαλοι της νεας ομαδας του Πύργου ήταν ο Παναιγιάλειος, Λευκος Αστήρ Αμαλιάδας. Α.Ε. Μεσολογγίου και Άρης Αιτωλικού.
Ο πρώτος αγώνας εγινε στις 22 Σεπτέμβρη του 1957 στο Αιγιο οπου οι πανισχυροι τοτε γηπεδούχοι νικησαν με 4-1. Σ'αυτόν τον αγώνα έπαιξαν με την επωνυμία �Εθνικος� γιατί ως καινούργια ομάδα έπρεπε να παίξουν στην τελευταία κατηγορια και με την παροδο του χρόνου εγινε η μετονομασία σε �ΠΑΝΗΛΕΙΑΚΟΣ�. Για το κύπελλο οι ερυθρόλευκοι στην πρεμιέρα νικήσαν τον Αιαντα Γαστούνης με 1-0, με γκολ του Παρασκευοπουλου στο 77'.
Ο Πανηλειακος αναδείχθηκε για πρώτη φορα στην ιστορια του πρωταθλητής την περιοδο 1962-63, δηλαδη στην εκτη (6) συμμετοχή του στο πρωταθλημα. Όμως στους αγώνες μπαραζ για την άνοδο στη Β'Εθνική προκριθηκε η Θύελλα Πατρών που πετυχε δυο νικες 0-1 στον Πυργο και 3-0 στα Προσφυγικά.
Οι ερυθρόλευκοι την περιοδο 1964-65 αναδειχθηκαν πρωταθλητες στον ομιλο τους για δεύτερη (2) φορα. Τοτε αντιμετώπισαν τον πρωταθλητη του αλλου ομιλου Ολυμπιακο Πατρων σε τρεις αγωνες χωρις το ποθητο αποτελεσμα (1-1, 1-1, 0-2στο Αιγιο). Έτσι η μεν ομαδα της Πατρας ανεβηκε στη Β'Εθνικη, η δε ομαδα του Πύργου συμπεριελήφθη στις ομάδες που αποτέλεσαν την νεοϊδρυθείσας Γ'Εθνικής.
